I microscopi sono attualmente utilizzati in una varietà di discipline, campi e contesti. Ad esempio, i biologi usano i microscopi per studiare organismi minuscoli, come batteri e alghe. I medici e gli operatori di laboratorio usano spesso i microscopi per studiare i campioni biologici per i parassiti.
A causa dei progressi nella tecnologia dei microscopi, gli scienziati moderni sono in grado di osservare un numero di piccoli oggetti e fenomeni. Ad esempio, i medici possono assistere alla trasmissione di impulsi nervosi in un campione di cellule cerebrali. I medici possono persino osservare le cellule che producono i loro prodotti, ad esempio quando una cellula del pancreas secerne l'insulina.
I microscopi sono anche usati per esaminare i dettagli fini di oggetti che sono abbastanza grandi da poter essere visti ad occhio nudo. Gli investigatori del crimine, ad esempio, usano i microscopi per studiare le prove che raccolgono. Ad esempio, osservando i peli ad alto ingrandimento, gli investigatori possono determinare se i capelli sono stati estratti con la forza o sono caduti da soli.
Oltre all'utilizzo di microscopi convenzionali a luce, molti scienziati usano microscopi elettronici per indagare su oggetti che sono troppo piccoli per essere visti diversamente. I microscopi elettronici non si basano su una fonte di luce per la visualizzazione. Rimbalzano via un fascio di elettroni di oggetti per determinare la loro forma, piuttosto che raggi di luce. I microscopi elettronici sono necessari per visualizzare oggetti come i virus.