Un microscopio di confronto è un microscopio specializzato che consente un confronto affiancato di materiali diversi. Inventati da Calvin Goddard negli anni 1920, questi microscopi sono spesso usati oggi dall'FBI e altri le forze dell'ordine per determinare le somiglianze di oggetti come i capelli e le munizioni sparate.
I microscopi di confronto sono essenzialmente due microscopi separati collegati da un ponte che include un singolo obiettivo di visualizzazione. Due oggetti simili possono essere posizionati sugli stadi opposti e visualizzati simultaneamente nello stesso campo visivo. Questo aiuta enormemente gli esaminatori nel confrontare due materiali simili senza la necessità di spostarsi tra due microscopi separati.