Uno scanner ionico è anche noto come dispositivo per la spettrometria della mobilità ionica ed è usato per motivi di sicurezza per la ricerca di particolato e per determinarne la sostanza di origine. Viene usato per rilevare sostanze illecite ed è un efficace strumento per combattere il traffico di droga e altre minacce.
Gli scanner ionici richiedono una programmazione per rilevare determinate sostanze chimiche e una manutenzione regolare per mantenerne l'accuratezza. Sono meno costose delle alternative che hanno lo scopo di svolgere una funzione simile e sono più facili da usare. Gli esperti del Dipartimento di Giustizia degli Stati Uniti stimano che ci vogliono solo poche ore per addestrare un dipendente a utilizzare uno scanner ionico.
Altre sostanze pericolose come esplosivi, sostanze chimiche pericolose o armi chimiche possono anche essere rilevate dagli scanner ionici, fornendo al dispositivo ampie applicazioni per ambienti militari e di ricerca. Il dispositivo di spettrometria di mobilità ionica è utile per rilevare e differenziare tra diverse sostanze gassose, dandole un posto nella scienza analitica. I dispositivi IMS sono anche utilizzati in ambito medico come uno degli strumenti per rilevare i problemi polmonari in un paziente, che vanno dal rigetto dopo un trapianto alla sarcoidosi e persino al cancro ai polmoni. Questo metodo di rilevamento è chiamato analisi del gas del respiro.