I vacuoli variano in funzione tra gli organismi e anche all'interno della stessa cella, ma l'uso più frequente è lo stoccaggio di acqua o sostanze nutritive. Un vacuolo è in realtà un organello di membrana generico, vuoto, che è pieno di qualunque cosa la cellula abbia bisogno di tenere separata dal resto del citoplasma. In quanto tali, diversi vacuoli contengono anche rifiuti o addirittura tossine, e alcuni organismi hanno altri usi per loro.
Secondo la City University di New York, le cellule vegetali sono particolarmente dipendenti dai loro vacuoli, in particolare un grande vacuolo centrale. Questo grande vacuolo, che spesso occupa gran parte del volume della cellula, è riempito principalmente di acqua, ma anche di rifiuti e altre sostanze. La cosa straordinaria di questo vacuolo è comunque il suo ruolo strutturale. Le cellule vegetali sono prive del citoscheletro proteico che aiuta le cellule animali a mantenere le loro forme. Invece, usano la pressione dei loro vacuoli centrali gonfiati contro le loro pareti cellulari dure per mantenere la loro forma, in un modo analogo a un palloncino di Mylar.
Poiché il vacuolo è in realtà un termine generale per un organello cavo, legato alla membrana, il nome si applica anche agli organelli piuttosto diversi noti come vacuoli contrattili. Questi si trovano in molti organismi unicellulari e aiutano a mantenere l'equilibrio idrico pompando fisicamente l'acqua in eccesso dall'interno della cellula.
