Le volpi di Fennec sono prede per sciacalli e grandi aquile, come il gufo reale. Sebbene non sia provato, altri animali hanno pensato di mangiare le volpi di Fennec, tra cui iene, caracali e cani domestici locali.
Gli scienziati sanno molto poco sulla vita e l'ecologia delle volpi di Fennec, quindi il numero totale di predatori che si nutrono delle volpi rimane sconosciuto. Gli studi hanno dimostrato che le volpi di Fennec sono rapide e agili, il che le rende difficili da catturare. Il comportamento notturno della volpe e gli adattamenti fisiologici al duro habitat del deserto, come le grandi orecchie, la pelliccia color sabbia e la capacità di sopravvivere senza acqua per lunghi periodi di tempo, aumentano ulteriormente le possibilità della volpe di sopravvivere ai predatori.