Tutti i batteri patogeni, per definizione, vivono all'interno del corpo umano, perché questo è il metodo con cui causano la malattia. Un agente patogeno è tutto ciò che causa la malattia nel suo ospite; senza l'ospite, la malattia non è possibile, poiché la malattia è un modello di attività dannosa all'interno dell'ospite.
Grandi quantità di batteri vivono all'interno del corpo umano. La maggior parte sono innocui, alcuni sono benefici e alcuni sono patogeni. Tutti e tre i gruppi vivono spesso all'interno delle stesse posizioni fisiche. Ad esempio, il tratto gastrointestinale umano è particolarmente ricco di batteri, comprese le specie che di solito sono considerate come patogene, come E. coli.
Non tutti i ceppi di E. coli causano intossicazione alimentare, e in effetti, la maggior parte sono innocui. È solo quando il corpo diventa squilibrato a causa di una condizione cronica, come la malnutrizione, che i batteri patogeni sono in grado di ottenere un punto d'appoggio e di invadere batteri innocui o benefici in queste aree del corpo. In altri casi, i batteri patogeni invadono deliberatamente parti del corpo normalmente prive di batteri, come nella meningite batterica.
I batteri in generale sono un gruppo di organismi estremamente resilienti e ad ampio spettro. Vivono in quasi tutti gli ambienti immaginabili e sono onnipresenti nei sistemi idrici e nel suolo su tutta la Terra. I batteri patogeni non sono sempre chiaramente separati da altri gruppi batterici non patogeni, tranne nel loro modello che causa malattia e danno ai loro ospiti. I batteri patogeni portano i geni della virulenza, ma a volte patogeni e non patogeni sono strettamente correlati, si comportano allo stesso modo e vivono negli stessi ambienti. Ad esempio, i batteri che causano il colera differiscono da quelli innocui trasportando alcuni geni che consentono ai batteri di produrre una tossina pericolosa.
