Gli eubatteri e gli archebatteri hanno una grande varietà di forme. Tuttavia, questi tipi di cellule non hanno organelli legati alla membrana, non organizzano il loro DNA in un nucleo e sono contenuti dalle membrane cellulari protette da pareti cellulari. Entrambi sono relativamente semplici nella struttura, quindi la maggior parte delle loro differenze sono chimiche, non strutturali. In generale, gli archeobatteri hanno in comune con gli eucarioti la mancanza di eubatteri, ma hanno anche alcune caratteristiche davvero uniche.
Rispetto agli archeobatteri, gli eubatteri sono estremamente diversi e diffusi, ma hanno solo tre forme principali di cellule. Sono o sferici, a forma di verghe corte, o lunghi e torcenti. Questa forma di base è una grande parte del modo in cui gli eubatteri sono classificati. Gli archebatteri, d'altra parte, non sono classificati per forma, ma per il tipo di estremofilo che sono. Gli archebatteri vivono in ambienti ostili che né i eubatteri né gli eucarioti possono sopravvivere. Sono classificati come produttori di metano, specialisti di calore estremo o specialisti di salinità estrema.
Parte di ciò che rende gli archeobatterici sopravvivere in ambienti così estremi sono le loro uniche membrane cellulari. Mentre tutti gli eubatteri e gli eucarioti hanno bistrati fosfolipidici come membrane cellulari, gli archeobatteri hanno ramificato catene di idrocarburi con legami eterei con il glicerolo per le loro membrane. Questo tipo di membrana unico è più stabile rispetto a quelli di altre forme di vita e consente loro di resistere a condizioni estreme.
