Secondo il dizionario Merriam-Webster, "non patogeno" significa che un organismo non causa malattie, quindi i batteri non patogeni non causano malattie. Alcuni batteri sono utili nei loro ambienti.
Ad esempio, il tratto digestivo umano contiene batteri che lo aiutano a funzionare correttamente. Questi batteri non solo aiutano nel processo digestivo, ma uccidono anche i batteri patogeni. I batteri vengono utilizzati nella produzione di alcuni prodotti caseari, come formaggio, panna acida e yogurt. Nel mondo naturale, alcuni batteri fungono da decompositori, abbattendo organismi morti. Altri tipi di batteri consumano olio e questa tendenza naturale è più visibile durante le fuoriuscite di petrolio o perdite.
