La muffa del pane si riproduce asessualmente, usando la mitosi per formare spore e sessualmente. La riproduzione sessuale implica il contatto tra ceppi opposti del fungo per formare uno zigosporo.
Stampo per il pane, Rhizopus stolonifer, il più delle volte si riproduce asessualmente. La riproduzione inizia subito dopo che lo stampo del pane trova un substrato adatto e invia le sue strutture di alimentazione, o ife, per assorbire i nutrienti. Il fungo nutrito forma strutture verticali che contengono le spore fungine. Queste spore sono il prodotto della mitosi e rimangono con il fungo fino a quando le condizioni sono appropriate per il loro rilascio; di solito, le spore si rilasciano quando il clima è caldo e secco. Le nuove spore ora atterrano su un nuovo substrato e il ciclo vitale dei funghi continua.
La muffa del pane non ha sesso opposto come fanno gli animali e alcune piante, ma ha due ceppi di accoppiamento. Quando i ceppi opposti si avvicinano l'un l'altro, gli ormoni speciali li fanno toccare. Quando toccano, i citoplasmi delle loro cellule si uniscono e i loro nuclei si incontrano e si uniscono. L'unione dei nuclei causa la formazione di uno zigosporo. Questa struttura ha una parete cellulare molto spessa e la capacità di rimanere inattiva; queste caratteristiche consentono a uno zigosporo di sopravvivere a condizioni difficili. Quando le condizioni sono favorevoli, la meiosi si verifica all'interno dello zigosporo per creare spore da rilasciare dal fungo.
