I primi insediamenti umani indigeni nella foresta pluviale amazzonica si basavano su una forma di agricoltura rotazionale nota come agricoltura segreta o coltivazione di taglia e brucia. Gli amazzoni indigeni hanno ripulito una piccola area circolare della foresta pluviale, in genere tra 2,5 e 5 ettari, ha permesso che si asciugasse e poi bruciasse la zona deselezionata e secca. La combustione ha trasformato i nutrienti nella vegetazione essiccata in uno strato di fertilizzante che ha permesso la crescita di colture in terreno che altrimenti sarebbero state inadatte all'agricoltura.
Poiché gli insediamenti indigeni dell'Amazzonia erano piccoli e l'agricoltura a taglio e incendi veniva effettuata a rotazione, la quantità di degrado ambientale era trascurabile. A differenza della moderna deforestazione che si svolge nella regione, nessun danno irreversibile all'ambiente ha avuto luogo.
A partire dal 2015, ci sono circa 800.000 abitanti indigeni nella regione amazzonica e la popolazione umana totale, che è aumentata in modo significativo da quando i primi colonizzatori europei hanno iniziato a esplorare l'area, è più di 25 milioni. A causa della pesante migrazione nella regione, fattori come il disboscamento, l'estrazione di petrolio e minerali, l'allevamento di bestiame e le dighe idroelettriche hanno colpito l'ambiente della zona in modi che molti ambientalisti considerano irreversibili.
