L'archaea e i batteri sono procarioti privi di nuclei cellulari e organelli legati alla membrana, mentre i protisti sono eucarioti che possiedono entrambe queste caratteristiche. L'archaea e i batteri sono sempre a cellula singola, mentre un piccolo numero di protisti sono organismi multicellulari.
Archaea e batteri immagazzinano il loro DNA in anelli chiamati plasmidi, ed entrambi sono circondati da pareti cellulari. I protisti immagazzinano il loro DNA all'interno di un nucleo cellulare definito. Alcuni gruppi protisti, come le alghe, possiedono pareti cellulari; altri gruppi, come i protozoi di tipo animale, non hanno pareti cellulari.
Mentre tutti gli archaea e i batteri sono organismi monocellulari, alcuni protisti sono organismi pluricellulari. Protisti multicellulari includono alghe e altre grandi specie di alghe brune; tutte le altre specie di protisti sono single cell. Tutti e tre i gruppi comprendono varie specie che ottengono energia in diversi modi: attraverso la fotosintesi, attraverso il consumo di sostanze chimiche e il consumo di altri organismi.
La maggior parte degli archeologici consuma sostanze chimiche, ma alcune specie possono passare alla fotosintesi quando necessario. Tutte le specie di alghe ottengono la loro energia tramite la fotosintesi, ma i protisti di tipo animale e fungino consumano altri organismi per il cibo. I batteri sono rappresentati in tutti e tre i gruppi e hanno una gamma più diversificata di habitat rispetto all'archaea o ai protisti. Gli Archaea hanno l'habitat più piccolo dei tre gruppi, vivono in ambienti estremi che non possono sostenere altre forme di vita.
