Mentre l'inquinamento delle acque ha molti impatti sull'ambiente, i suoi effetti sono più facilmente visibili nei laghi e nei torrenti dove l'inquinamento uccide i pesci e altre forme di vita acquatica. Secondo TEACH Great Lakes, i biologi hanno dichiarato Lake Erie un lago morto negli anni '60, eppure era pieno di vita. Il problema era che era il tipo di vita sbagliato, che causava un'interruzione nel lago a causa dell'inquinamento.
I metalli pesanti tossici sono un tipo di inquinamento che colpisce laghi e fiumi. Spesso i metalli pesanti provengono da processi industriali, come le acciaierie che un tempo circondavano molti dei Grandi Laghi. Questi materiali sono tossici per i pesci e i molluschi, ma hanno il potenziale di influenzare il resto della catena alimentare, compresi gli animali che vivono sulla terra così come quelli nell'acqua.
I batteri e altri inquinanti delle acque reflue influenzano la salute degli organismi che vivono nell'acqua e coloro che la bevono. La pulizia dell'acqua potabile è un problema per molti animali.
Senza inquinamento, i grandi laghi naturali contengono pochi nutrienti per le piante e le loro temperature rimangono fresche tutto l'anno. Lentamente dissolvono i minerali dal terreno e la materia vegetale in decomposizione è necessaria per sostenere una vita vegetale adeguata per la catena alimentare. L'inquinamento aumenta i nutrienti della pianta nell'acqua, mentre i rifiuti industriali ne aumentano la temperatura. All'aumentare del tipo sbagliato di crescita delle piante, l'apporto di ossigeno diminuisce. Migliorando le condizioni di alcune specie, l'inquinamento influenza l'equilibrio naturale e la bellezza dei corpi idrici e dell'ambiente.
