La modifica del livello di pH può cambiare la forma di una proteina. Questo processo è chiamato "denaturazione" della proteina. Quando una proteina diventa denaturato, non funziona in modo ottimale o non funziona affatto.
Una proteina ha una certa struttura che influenza la sua funzione. Ad esempio, proteine come gli enzimi non possono più legarsi ai substrati se le loro strutture cambiano; allo stesso modo, gli anticorpi non possono legarsi a sostanze estranee chiamate antigeni se la loro struttura è stata cambiata.
Le interazioni tra le catene laterali degli amminoacidi che costituiscono le proteine le fanno piegare in una forma tridimensionale unica. Cambiando il livello di pH si alterano queste interazioni a catena laterale, portando a un cambiamento nella forma della proteina. Secondo il Brooklyn College, alcune proteine possono ritornare alle loro forme originali se il livello di pH ritorna alle condizioni ottimali.
