Secondo l'Agenzia per la protezione dell'ambiente degli Stati Uniti, le acque reflue possono contenere sostanze chimiche dannose per il sistema endocrino (EDC) che, se rilasciate nell'ambiente, possono influire negativamente sulle popolazioni ittiche. Due dei principali pericoli includono la femminilizzazione e interruzione delle popolazioni ittiche.
Le acque reflue sono progettate per eliminare le acque reflue di agenti patogeni, particelle di rifiuti e sostanze nutritive, ma i potenziali EDC sono più difficili da eliminare. Queste sostanze chimiche finiscono nelle acque di scarico attraverso una varietà di modi, in quanto sono presenti in prodotti farmaceutici, detergenti, saponi, materie plastiche, prodotti alimentari e per la cura personale come i profumi. Secondo l'EPA, la presenza di EDC ha dimostrato di femminilizzare le popolazioni ittiche che si trovano a valle degli impianti di trattamento delle acque reflue.
L'altro grave effetto degli EDC nelle acque reflue è la loro capacità di distruggere le popolazioni di pesci. Uno studio condotto dal Dipartimento per la pesca e gli oceani del Canada ha esposto un minnow alla testa in un lago a basse concentrazioni di estrogeni. Entro 3 anni, lo sviluppo riproduttivo di entrambi i pesciolini maschi e femmine aveva sofferto di gravi difetti e ha portato ad una quasi estinzione del pesce dal lago. La quantità di estrogeni utilizzata nello studio era simile a quella misurata nei corsi d'acqua infestati dalle acque di scarico, il che dimostra che gli EDC presenti nelle acque reflue hanno il potenziale di distruggere le popolazioni di pesci selvatici.
