I pinguini sono in pericolo a causa di operazioni di pesca su vasta scala che riducono il loro approvvigionamento alimentare, i bracconieri che rubano le uova e uccidono gli adulti per il loro petrolio e le fuoriuscite di petrolio che inquinano il loro ambiente e uccidono migliaia di pinguini contemporaneamente. Le popolazioni di pinguini sono anche minacciate dai cambiamenti climatici mentre il ghiaccio marino si scioglie, rimuovendo le loro aree di alimentazione e i terreni di riproduzione.
Il cambiamento climatico è la più grande minaccia alla sopravvivenza dei pinguini e il più difficile da contrastare; I pinguini sono protetti dai danni ai sensi della legge sulle specie minacciate di estinzione del 1973 e vengono salvati dai gruppi ambientalisti durante le fuoriuscite di petrolio, ma il loro habitat in diminuzione e le scorte di cibo che diminuiscono rendono difficile la loro riproduzione o prosperità. Perfino i pinguini al di fuori dell'Antartico sono minacciati dai cambiamenti climatici. Il pinguino africano si concentra sulle sardine e le acciughe che seguono le correnti al largo delle piccole isole, ma i cambiamenti climatici stanno facendo sì che i torrenti si allontanino dalle case dei pinguini e dai loro territori.
I pinguini sono anche minacciati dalle spedizioni di pesca commerciale. Mentre alcuni pescatori partecipano agli sforzi di conservazione e riportano in vita gli animali feriti, i pinguini devono ancora competere con gli umani per il cibo. I pinguini affrontano anche minacce dai loro predatori naturali: squali, orche, leoni marini e leopardi.
