Il bacillo spesso mostra resistenza agli ambienti difficili come il calore, le radiazioni, i disinfettanti e l'essiccazione a causa delle loro endospore. Secondo MicrobiologyBytes, le spore di Bacillus hanno una copertura esterna resistente fatta di cheratina, che li rende altamente resistenti al calore e agli agenti chimici.
Secondo il Dipartimento di Microbiologia della Cornell University, le endospore di Bacillus conferiscono all'organismo la capacità di prosperare e crescere in ambienti difficili come deserti, sorgenti calde, terreni artici e sedimenti marini. Le endospore sono una forma dormiente del batterio e solo alcuni generi di batteri, come il Bacillus e il Clostridium, sono in grado di formare endospore. Il bacillo si trova nel terreno, mentre il Clostridium si trova nel tratto gastrointestinale degli animali.
Le endospore si formano in condizioni di fame. Cornell spiega che un singolo endospora si forma all'interno di un batterio mediante un processo chiamato sporulazione, che richiede molto tempo ed energia dal batterio. Una volta formati, strati multipli di strati resistenti, come una corteccia, un rivestimento di spore e talvolta un exosporium, coprono l'endosporo completato. Fino a quando una serie di fattori scatenanti ambientali incoraggiano la germinazione, l'endospora sopravvive e attira il suo tempo. Una volta incoraggiato a crescere, una conseguenza di un singolo batterio viene prodotta dalla germinazione. Le endospore di Bacillus sono un adattamento altamente efficace nella sopravvivenza.