John Hagee scrisse in una lettera del 1975 alla sua congregazione che era colpevole di immoralità, dopo di che divorziò da sua moglie, Martha Downing. L'esatta immoralità è sconosciuta. Sposò Diana Castro, un membro della sua congregazione, il 12 aprile 1976. Il nuovo matrimonio subito dopo il suo divorzio portò alle accuse di avere una relazione durante il suo matrimonio.
Hagee sposò Downing nel 1960 e la coppia ebbe due bambini insieme. Hagee era il pastore della Trinity Church di San Antonio, ma le critiche del suo divorzio lo hanno portato a dimettersi.
Hagee ha tre figli con Castro, di nome Matthew, Christina e Sandy. Hagee e i suoi figli con Castro sono anche musicisti, che si sono esibiti insieme come The Hagees.
L'11 maggio 1975, Hagee fondò una nuova chiesa, chiamata The Church at Castle Hills. Sebbene avessero solo 25 membri da avviare, sono rapidamente aumentati di dimensioni, portando a due espansioni. Il primo era un santuario con 1.600 posti, e il secondo era un santuario con 5.000 posti. Hagee ha chiamato il secondo santuario Cornerstone Church. Suo figlio, Matthew, in seguito prese il posto di pastore esecutivo della chiesa.
Hagee ha scritto libri e numerose stazioni televisive religiose hanno trasmesso i suoi sermoni. Ha anche fondato organizzazioni religiose.
