La forma di una molecola è importante perché è una caratteristica che spesso determina il destino di un composto per quanto riguarda le interazioni molecolari. I metodi di farmacologia hanno anche osservato che determinare la forma molecolare è importante nella scoperta di farmaci, virtuale screening e tossicologia predittiva.
La forma di una molecola determina il modo in cui si comporta in natura e le forme molecolari sono descritte utilizzando la terminologia geometrica. La natura stessa di una molecola dipende dalla forma e dallo spostamento dell'elettrone nel legame. La forma di una molecola influenza le proprietà fisiche e chimiche degli elementi coinvolti.
Determinare la forma di una molecola è essenziale per comprendere le molecole nelle reazioni chimiche. Gli enzimi hanno la capacità di differenziare i gruppi di molecole funzionanti attraverso il riconoscimento della forma. I percorsi bio-sintetici che producono prodotti naturali utilizzano il riconoscimento della forma per l'ossidazione selettiva.
Il riconoscimento della forma chimica svolge anche un ruolo essenziale nell'uso dei cinque sensi. Molti studi hanno sostenuto l'idea che la forma molecolare sia importante per l'attività biologica. La forma molecolare è utile per descrivere le molecole singolarmente, così come la natura delle interazioni tra le molecole.
I metodi computazionali utilizzati dalla farmacologia molecolare consentono di effettuare rapidi confronti tra piccole molecole e piccole molecole con siti di recettori proteici.