Le orche sono in pericolo a causa di una serie di minacce, tra cui fuoriuscite di petrolio, bioaccumulo di PCB e altri contaminanti, inquinamento acustico, collisioni con navi, impigliamento nelle attrezzature da pesca, sparatorie da parte di pescatori e disturbi dell'habitat da parte di osservatori di balene. Inoltre, l'esaurimento delle popolazioni di prede, come i mammiferi marini e alcune specie di pesci, colpisce il suo ecosistema.
Le minacce passate alle orche includono la cattura per l'uso in esposizioni acquatiche e la caccia commerciale. Anche se poche orche assassine sono cacciate per il loro valore commerciale dal 2014, continuano a essere colpite da pescatori commerciali, che li considerano concorrenti. Dalla fuoriuscita di petrolio di Exxon Valdez nel 1989, le fuoriuscite di petrolio e altre fughe di inquinanti sono state considerate gravi minacce alle orche. I disturbi del rumore che colpiscono le orche includono il sonar Naval ad alta intensità, che le scansioni CAT hanno causato emorragie intorno al cervello e alle orecchie, così come il suono proveniente da trivellazioni, spedizioni e allevamenti di salmoni.
Nel 2013, l'Elenco internazionale delle specie minacciate della Unione internazionale per la conservazione della natura e delle risorse naturali ha elencato l'unità tassonomica delle orche come dati carenti. In precedenza, le orche assassine erano considerate un'unica specie, ma i ricercatori affermano che potrebbero esserci diverse specie di orche assassine, alcune delle quali sono in pericolo a partire dal 2014. Le balene assassine residenti si muovono in baccelli e vivono in aree specifiche, mentre le orche transitorie si muovono in gruppi più piccoli e gamma in aree più grandi. Le balene assassine residenti nel sud, per esempio, un gruppo di tre grandi baccelli che abitano le acque costiere degli Stati Uniti occidentali e del Canada, sono state dichiarate una specie in pericolo di estinzione nel 2005, e l'Amministrazione nazionale oceanica e atmosferica ha dichiarato il proprio raggio d'azione un habitat critico soggetto a conservazione nel 2006.
