Uno zigote contiene due serie di cromosomi, uno da ciascun genitore. Le due coppie di cromosomi ammontano a 46 cromosomi totali nell'uomo.
Uno zigote è il risultato finale della combinazione di due cellule del sesso. Ciò si verifica durante la fecondazione, quando una cellula dello sperma dal maschio fertilizza l'uovo di una femmina. Ogni cellula sessuale contiene 23 cromosomi. I cromosomi determinano il sesso della prole. La cellula sessuale maschile contiene una X o una Y, mentre la cellula femminile ha solo un cromosoma X. Se una cellula maschile fertilizza una cellula sessuale femminile con un cromosoma Y, la prole è maschio.