L'università di Mansoura spiega che i prodotti finali della digestione delle proteine nell'intestino tenue sono amminoacidi. Gli aminoacidi vengono quindi assorbiti nel sangue attraverso le pareti dell'intestino con l'aiuto di proteine carrier o altri meccanismi. Questa digestione è alla fine di un processo a più fasi durante il quale le proteine vengono denaturate e progressivamente suddivise nei loro peptidi costituenti da una sequenza di enzimi.
La Mansoura University afferma che il primo passaggio chimico verso la digestione delle proteine avviene nello stomaco. Lo stomaco è il primo organo in grado di immagazzinare alimenti solidi, sui quali rilascia succo gastrico, una miscela di acido cloridrico ed enzimi. L'acido inizia il processo di denaturazione, che è la rottura del ripiegamento secondario e terziario delle proteine. Attiva anche la pepsina, un enzima importante che attacca le proteine. In particolare, la pepsina abbatte il legame peptidico negli amminoacidi aromatici. Quando le proteine lasciano lo stomaco, vengono spezzate in grandi polipeptidi e altri composti, come protezioni e peptoni.
Una volta nell'intestino tenue, vengono rilasciati i succhi pancreatici e intestinali che contengono più enzimi. La Mansoura University spiega che ogni enzima nel succo pancreatico agisce su una diversa categoria di aminoacidi, e ciascun enzima nel succo intestinale agisce su polipeptidi di diverse lunghezze.