Una molecola consiste di almeno due atomi dello stesso elemento, mentre un composto include almeno due elementi. Un esempio di una molecola sarebbe l'idrogeno molecolare, che ha due atomi di idrogeno ed è rappresentato come H2. Un esempio di un composto sarebbe l'acqua (H2O), che ha due atomi di idrogeno e un atomo di ossigeno.
I composti includono molecole al loro interno. Ad esempio, l'idrogeno in acqua è una molecola perché ci sono almeno due atomi dell'elemento; l'ossigeno, tuttavia, non sarebbe una molecola a sé stante poiché ne esiste solo un atomo. Alcuni altri esempi di molecole includono l'azoto molecolare (N2) e l'ossigeno molecolare (O2), e alcuni altri composti includono il metano (CH4) e il biossido di carbonio (CO2).