I flagelli sono usati dalle cellule e dagli organismi unicellulari per il movimento, la sensazione e la trasduzione del segnale. Possono essere descritti come estensioni lunghe e sottili della cellula o dell'organismo. La forma singolare di flagelli è flagello.
A seconda dell'organismo, un flagello consiste di diverse strutture. Nei batteri, i flagelli sono costituiti dalla flagellina della proteina. Negli eucarioti, i flagelli sono costituiti da microtubuli circondati da una membrana plasmatica. Questa è la struttura dei flagelli nelle piante, nei protisti e negli animali. I procarioti e gli eucarioti usano diverse fonti di energia per guidare i flagelli. I flagelli eucariotici in movimento richiedono l'adenosina trifosfato (ATP). I procarioti usano l'energia dalla forza motrice del protone, che è il gradiente ionico che si trova attraverso le membrane cellulari.
