La porzione più inferiore del tronco cerebrale è il midollo allungato. Situato appena sotto il ponte del tronco cerebrale e anteriore al cervelletto, il midollo allungato è responsabile di molte delle funzioni vitali involontarie del corpo, come la respirazione, la digestione e il cuore e la funzione circolatoria.
Questa parte del tronco cerebrale serve anche a trasmettere messaggi dal midollo spinale al cervello e aiuta a coordinare il corpo. Poiché la maggior parte dei nervi coinvolti nel controllo dei muscoli della laringe, la faringe e il velum si trovano nel midollo, è necessario anche per le funzioni del linguaggio e della deglutizione.