Il tipo di legame che tiene insieme le basi dell'azoto è chiamato legame idrogeno. Le basi azotate si verificano nei nucleotidi, che sono i mattoni base chimici che costituiscono la struttura chimica del DNA.
Esistono due categorie di basi contenenti azoto (composti ad anello) presenti nel DNA. Sono purine e pirimidine. Le purine sono a doppio anello e comprendono guanina (G) e adenina (A). Le pirimidine sono strutture ad anelli singoli e comprendono citosina (C) e timina (T). Le basi formano coppie legandosi ad un'altra base complementare (coppia di purine con pirimidine, G con C e A con T). Il legame formato tra le due basi è chiamato legame idrogeno, che è un legame debole che si verifica su brevi distanze e può essere facilmente rotto o formato.