Il primo esperimento scientifico che ha indicato l'esistenza di atomi è stato eseguito da John Dalton durante il 1800. Questi primi esperimenti non hanno prodotto informazioni sulla struttura dell'atomo. La struttura degli atomi fu prima spiegata attraverso la scoperta di elettroni nel 1897 dal fisico J. J. Thompson.
L'idea filosofica di un atomo è stata sviluppata dal filosofo greco Democrito nel 460 a.C. L'idea di un atomo era il risultato di una domanda relativa ai limiti della divisione della materia. Questa idea è stata successivamente respinta da Aristotele e quindi non data alcun merito da filosofi o individui greci.