Uno degli effetti più significativi dell'imperialismo spagnolo in America Latina è stata la devastazione delle popolazioni indigene. La conquista spagnola dell'America centrale e meridionale ha ridotto la popolazione locale da circa 50 milioni di persone a circa 8 milioni di euro.
Sebbene molte popolazioni indigene siano state uccise mentre resistevano alle invasioni spagnole, la maggior parte delle morti è dovuta alla diffusione di malattie europee. I nativi americani non erano mai stati esposti a queste malattie e non avevano un'immunità naturale per loro, causando malattie comuni come il morbillo e la pertosse ad avere conseguenze mortali. Molti sopravvissuti alle malattie sono stati costretti alla schiavitù dagli spagnoli, portando a più morti a causa di malnutrizione e superlavoro.
L'imperialismo spagnolo in America Latina ha anche arricchito la Spagna e contribuito a finanziare le sue guerre contro altre potenze europee. I coloni spagnoli hanno cercato metalli preziosi e gemme, usando il lavoro degli schiavi per estrarre grandi quantità di argento e altri materiali preziosi.
Anche il coinvolgimento della Spagna in America Latina ha contribuito a alimentare il commercio transatlantico di schiavi. I coloni spagnoli credevano che le popolazioni indigene fossero inadatte a lavorare nelle miniere, quindi importavano invece gli schiavi africani a lavorare. La Spagna non era l'unica potenza europea ad usare gli schiavi africani nelle sue colonie americane, ma era un importante acquirente. Ciò ha contribuito alla devastazione a lungo termine e alla destabilizzazione in Africa. Ha anche portato a cambiamenti nella demografia e nella cultura dell'America Latina come schiavi africani mischiati alle popolazioni indigene.
