Gli agenti antimicrobici includono un'ampia varietà di farmaci che uccidono agenti patogeni, agenti che causano malattie. Hanno come bersaglio batteri, funghi, virus e parassiti. Gli antibiotici uccidono i batteri, gli antifungini uccidono i funghi, gli antivirali uccidono i virus e gli antiparassitari uccidono i parassiti.
Gli antibiotici sono il più noto degli agenti antimicrobici. Includono farmaci come la penicillina, la tetraciclina e l'azitromicina. L'amantadina e l'oseltamivir sono agenti antivirali utili contro l'influenza, mentre l'acyclovir tratta i focolai causati dal virus dell'herpes. I farmaci antifungini comprendono il miconazolo, che tratta le infezioni ginecologiche da lievito e il clotrimazolo, che tratta il piede dell'atleta. Infine, gli agenti antiparassitari includono farmaci come itazoxanide, che tratta i sintomi di infestazione con Giardia lamblia.
La resistenza agli antibiotici è una considerazione importante nel trattamento delle malattie infettive, ma si applica a tutti gli agenti antimicrobici. La resistenza si verifica quando un patogeno cambia e non risponde più a un farmaco antimicrobico. In altre parole, un farmaco non uccide più l'agente patogeno precedentemente suscettibile. Le cause di resistenza includono la prescrizione inappropriata di farmaci antimicrobici e l'uso improprio di farmaci antimicrobici una volta prescritti.
Un esempio di prescrizione inappropriata sarebbe scrivere una prescrizione per antibiotici per un paziente con un'infezione virale. Gli antibiotici sono efficaci solo contro i batteri, non contro i virus. Un esempio di uso improprio non finirebbe un ciclo di antibiotici perché i sintomi dell'infezione si sono risolti dopo pochi giorni.