I corpi idrici colpiti da piogge acide includono i torrenti e i laghi che circondano le Adirondacks e le Catskill Mountains, gli altipiani della regione degli Appalachi e l'Upper Midwest. Un sondaggio condotto dalla Environmental Protection Agency indica che oltre il 75% di tutti i 1.000 corpi d'acqua dolce più grandi di 10 acri sono acidificati.
La situazione è particolarmente grave nelle aree in cui la capacità di tamponamento del suolo è scarsa, poiché ciò porta all'accumulo di acidità del suolo quando le piogge acide cadono continuamente. Little Echo Pond a Franklin, New York, è un ottimo esempio, registrando un pH di 4,2. I flussi che attraversano regioni con una bassa capacità di tamponamento del suolo assorbono l'acidità del suolo, acquisendo acidità propria. Altre fonti di acidità di flusso includono il deflusso acido da deluges e scioglimento della neve.
Le piogge acide causano anche problemi ecologici, inclusa la riduzione della popolazione ittica dovuta all'eradicazione di uova e avannotti. La pioggia acida ostacola la crescita degli alberi, sconvolgendo l'equilibrio ecologico dei biomi forestali. Il tasso di rilascio di ioni di metalli, come l'alluminio, nell'ecosistema viene accelerato in un ambiente acido. Questi ioni metallici sono tossici, causando ingenti danni a pesci e animali acquatici. La distruzione della vita vegetale e animale a causa delle piogge acide si traduce in un effetto a cascata, in cui la biodiversità compromessa dell'ecosistema provoca complicazioni proprie.
