Gli aspetti negativi della clonazione includono complicazioni dello sviluppo, geni anormali e bassi tassi di successo. Esiste anche la possibilità che un clone umano non sia in grado di integrarsi pienamente nei ruoli familiari e sociali.
La clonazione è in gran parte non riuscita perché il processo di trasferimento nucleare delle cellule somatiche è problematico. Il tasso di successo complessivo per un trasferimento di nuclei è compreso tra 0,01 e 3 percento. C'è anche un alto tasso di fallimento per le gravidanze che derivano dalla clonazione. Un altro fattore di rischio è che l'uovo e il nucleo non si formano in modo coesivo per completare il processo di clonazione.
Gli animali clonati tendono ad essere più grandi delle loro controparti non clonate. Questo è noto come Sindrome della discendenza grande, e gli animali che ne soffrono sono soggetti a grandi organi, che causano le complicazioni della respirazione e del flusso sanguigno. Gli animali clonati soffrono anche di problemi immunitari, cerebrali e renali.
C'è anche la probabilità che i cloni invecchino più velocemente a causa di un nucleo trasferito già consumato. Gli scienziati sono preoccupati che i cromosomi possano avere proprietà compromesse che portano ad un invecchiamento avanzato. Gli esperti mettono in guardia anche sulle complicazioni evolutive che possono derivare da questo problema.
Molti sollevano domande sulle deformità che possono verificarsi nella clonazione umana, e la clonazione umana solleva alcune questioni etiche. Ad esempio, gli avversari sostengono che i cloni umani non avrebbero di fatto alcuna autodeterminazione perché ci si aspetterebbe che agissero come il loro originale genetico.
