Alcuni svantaggi degli antibiotici includono l'inefficacia contro i virus, potenziali interazioni farmacologiche, abusi frequenti, uso eccessivo e potenziali effetti collaterali. Inoltre, l'uso diffuso di antibiotici può far evolvere i batteri in ceppi resistenti agli antibiotici.
La resistenza agli antibiotici è la capacità di un batterio di resistere a dosi elevate di antibiotici e trasmetterla a generazioni successive. Inoltre, i batteri resistenti agli antibiotici possono trasferire la loro immunità, attraverso i plasmidi, ad altri ceppi e specie di batteri. I Superbug sono batteri che non rispondono più al trattamento antibiotico. La tubercolosi multi-farmaco-resistente, o MDR-TB, è un superbatterio che provoca 1/2 milioni di nuovi casi ogni anno, a partire dal 2014.
Gli antibiotici a volte causano interazioni farmacologiche che rendono un farmaco inefficace, causano effetti collaterali o causano danni ai sistemi biologici di un paziente. Miscelare alcol con antibiotici può diminuire la loro efficacia o causare nausea, vomito e effetti respiratori. Gli antibiotici a volte rendono inefficaci le pillole anticoncezionali. Si sospetta che la rifampicina abbia questo effetto a causa dell'arresto accelerato del fegato degli ingredienti attivi della pillola. La combinazione di chinoloni e corticosteroidi può causare danni ai tendini.
L'uso improprio e l'uso eccessivo sono due problemi comuni. In passato, i medici prescrivevano antibiotici prima di determinare se un'infezione fosse batterica o virale. Agricoltori e veterinari usano ancora antibiotici profilattici nel bestiame che promuovono l'evoluzione dei superbatteri. I pazienti spesso non riescono a prendere gli antibiotici esattamente come prescritto, permettendo lo sviluppo di ceppi resistenti.
Gli antibiotici possono causare effetti collaterali, come febbre, diarrea, nausea, reazioni allergiche e squilibri fisiologici, che portano a infezioni secondarie.
