I microscopi sono strumenti facili da usare, spesso poco costosi, disponibili per quasi tutti i servizi sanitari del mondo, rendendoli facili da ottenere, anche nei paesi del terzo mondo, ma non tutti hanno le competenze necessarie per usarli, quindi una diagnosi errata è uno svantaggio. I microscopi possono essere utilizzati per diagnosticare una serie di condizioni e malattie diverse.
Esistono diversi tipi di microscopi disponibili per l'uso in molti campi della scienza. I microscopi a elettroni, luce e dissezione sono solo alcuni dei molti in circolazione, e uno svantaggio di avere così tanti tipi tra cui scegliere è che una persona o un'organizzazione può usare quella sbagliata per i propri bisogni. Alcuni microscopi offrono risoluzioni più elevate di altri e alcuni, come i microscopi stereoscopici, consentono agli utenti di visualizzare oggetti più spessi rispetto a molti altri.
I microscopi hanno aperto la porta a così tante nuove scoperte e trattamenti che i vantaggi superano di gran lunga qualsiasi svantaggio.
