L'inquinamento da fonti non puntiformi comprende prodotti chimici agricoli, rifiuti di origine animale e scarichi urbani. A differenza dell'inquinamento che riconduce a una singola fonte, ad esempio una fabbrica, l'inquinamento da fonti non proviene da diverse località. L'acqua di scarico dalle tempeste porta gli agenti inquinanti a corsi d'acqua, laghi e fiumi.
Secondo l'EPA, l'inquinamento da fonti non puntiformi è stata la principale causa di problemi con la qualità dell'acqua nel 2010. Ogni individuo svolge un ruolo nell'inquinamento da fonti non puntiformi, spesso senza rendersene conto. Gli agricoltori che applicano troppi fertilizzanti, troppi erbicidi o troppi altri prodotti chimici alle loro colture aumentano l'inquinamento nei flussi vicini. Gli scarti di bestiame aumentano l'inquinamento chimico e batterico.
Nelle aree urbane, molti tipi di inquinamento da fonte non rilevante interessano le acque di superficie. Anche l'uso improprio di prodotti chimici per prati ha un ruolo nel problema. Perdite di olio o carburante dai veicoli si riversano nei flussi. Nuove costruzioni aumentano il suolo e i sedimenti nei torrenti. I proprietari di animali domestici che non riescono a ripulire i rifiuti domestici consentono di ridurre la qualità dell'acqua.
L'inquinamento da fonte non puntiforme aggiunge sedimenti, sostanze nutritive, tossine, sostanze chimiche e agenti patogeni nell'acqua che inquina. Può trasformare un flusso vitale in uno che non è più in grado di sostenere la vita. Controllare l'inquinamento da fonti non puntiformi richiede uno sforzo unificato da parte di tutti coloro che vi contribuiscono.
