Esempi di agenti patogeni includono Ebola, rabbia, norvirus, rinovirus e stafilococco. Gli agenti patogeni possono essere suddivisi in tre gruppi: batteri, virus e funghi. Di solito sono anche classificati per mezzo di trasmissione. Esempi includono agenti patogeni di origine alimentare, come E. coli e patogeni presenti nell'aria, come l'influenza.
I patogeni batterici sono organismi viventi microscopici che causano effetti negativi sulla salute o malattia quando entrano in un ospite. La maggior parte dei batteri è innocua o addirittura benefica per l'uomo, ma alcuni batteri comuni che sono pericolosi sono il tubercolosi, lo stafilococco e lo streptococuss, che causano una vasta gamma di malattie, tra cui mal di gola, occhi rosa e polmonite.
Gli agenti patogeni virali differiscono in quanto si riproducono solo nelle cellule degli organismi viventi, compresi i batteri, e sono più frequentemente dannosi per il loro ospite. Inoltre non possono essere trattati con antibiotici. Alcuni esempi includono cowpox, ebola, epatite, virus dell'immunodeficienza umana, influenza e rabbia.
Gli agenti patogeni comunemente trasmessi dal cibo o dall'acqua includono il campylobacter, che è una causa comune di diarrea; clostridium botulinum o botulismo; listeria monocytogenes, o listeriosi; norovirus; salmonella; e shigella.
Gli agenti patogeni presenti nell'aria sono caratteristici in quanto solitamente irritano il naso e la gola e possono essere trasmessi agli altri attraverso il muco e la saliva. Un agente patogeno "in volo" è solitamente considerato una mutazione pericolosa. A parte l'influenza, i comuni patogeni presenti nell'aria includono il rinovirus e il coronavirus, che causano il raffreddore.