I funghi possono vivere in una varietà di habitat classificati come marini o terrestri: nel suolo, nell'acqua e su piante e animali. L'evidenza suggerisce che alcuni funghi si sono evoluti strettamente pianta associata o animale per sviluppare una relazione simbiotica produttiva. I funghi, che includono lievito, funghi e muffe, sono classificati separatamente da piante, animali e batteri.
I funghi funzionano come decompositori e sono in grado di abbattere anche le sostanze tossiche. Quando i funghi assumono sostanze nutritive da un organismo ancora in vita, i funghi possono essere considerati un parassita. Poiché i funghi sono estremamente adattabili, prosperano in ambienti molto diversi in tutto il mondo. Alcuni funghi vivono nei deserti, altri nelle bocche idrotermali in profondità sotto la superficie dell'oceano. I funghi micorrizici sono presenti nel terreno e ottengono nutrienti dalle radici delle piante o dai resti delle piante in decomposizione. Altri funghi trovati nel suolo (noti come ruderals) raccolgono i loro nutrienti dall'acqua piovana. Alcuni funghi, come le muffe, prosperano al meglio in luoghi bui e umidi e possono essere un costante irritante per gli esseri umani (specialmente in forme come le muffe del pane nero). D'altra parte, i funghi, che sono in realtà il frutto di certi tipi di funghi, possono essere una gustosa aggiunta a un pasto.
