Accesso limitato a tecnologie di qualità, scarsa alfabetizzazione informatica, isolamento sociale e necessità di autodisciplina sono tutti svantaggi o potenziali problemi con ambienti di apprendimento virtuali. Poiché i corsi online sono guidati dalla tecnologia informatica e da Internet accesso, una persona senza queste capacità ha una sfida per un apprendimento efficace.
Sebbene la pianificazione flessibile sia un vantaggio chiave dell'apprendimento online, per alcuni l'incapacità di pianificare e regolare l'esecuzione delle prestazioni è svantaggiosa. Gli studenti che mancano di motivazione e autodisciplina di solito hanno più problemi in un ambiente di apprendimento virtuale che in una classe tradizionale. Non ci sono insegnanti e colleghi in grado di offrire promemoria regolari su incarichi, progetti e test. Gli studenti devono fare i loro passi e dedicare ampio tempo a completare le attività di classe e gli incarichi fuori dalla classe.
L'interazione limitata di istruttori e l'isolamento da un gruppo di apprendimento sono anche degli svantaggi. Gli istruttori in genere tentano di comunicare tramite e-mail o lo strumento di apprendimento virtuale. Tuttavia, è più difficile garantire un ascolto e una comprensione adeguati a distanza. Inoltre, richiede più tempo per l'interazione e il feedback attraverso strumenti virtuali rispetto a uno scambio tradizionale faccia a faccia. L'isolamento sociale può essere difficile per gli studenti che prosperano nell'interazione quotidiana con i compagni e per il conforto informale fornito con un'impostazione di classe tradizionale.