Esistono tre gruppi principali di Archaeabacteria: Crenarchaeota, Euryarchaeota e Korarchaeota. I Crenarchaeota sono estremamente tolleranti al calore e gli Euryarchaeota sopravvivono in ambienti privi di ossigeno o salati. Korarchaeota sono i meno conosciuti dei gruppi.
La maggior parte degli archeobatteri sono estremofili che prosperano in habitat che sono inospitali per la maggior parte delle altre forme di vita. I crenarchaeota sono termofili, molti dei quali resistono anche allo zolfo e ad alta acidità. Questi organismi vivono in habitat vulcanici e sorgenti termali. Il pH del loro ambiente varia da 5 a 1 e resistono a temperature superiori a 230 gradi Fahrenheit.
Euryarchaeota contiene alofili, organismi che prosperano in ambienti come laghi salati. Questo gruppo include anche metanogeni che vivono in condizioni anaerobiche, come le zone umide e persino l'intestino di altri animali. Il metano è il prodotto del metabolismo del metanogeno.
Come Crenarchaeota, Korarchaeota vive in habitat ad alta temperatura, come le sorgenti di acqua calda. Questi organismi sono primitivi e sono alcuni degli Archaeabatteri meno comuni in natura.
Gli archebatteri e gli eubatteri, o batteri veri, condividono un antenato comune e gli archeobatteri sono simili ai veri batteri e alla vita eucariotica. La ricerca suggerisce che gli eurkaryoti aumentano, evolutivamente, dagli archebatteri. Inoltre, si ipotizza che eucarioti e crenarchaeota abbiano più in comune rispetto ai diversi gruppi di archeobatteri che hanno l'uno con l'altro.
