Il muco dello stomaco protegge le cellule gastrointestinali dal danno che i succhi gastrici possono causare. I succhi gastrici sono altamente acidi e, senza questo muco, l'acido può distruggere le cellule e i tessuti nello stomaco.
Il muco nello stomaco è ricco di bicarbonato, un composto alcalino, per aiutare a lubrificare e proteggere lo stomaco. L'acido dello stomaco proviene dalle cellule parietali, un tipo di cellula dello stomaco, ed è un acido cloridrico, che è una soluzione di acqua e acido cloridrico. Ciò consente all'ambiente nello stomaco di essere altamente acido. Un alto livello di acidità è fondamentale per inattivare i batteri nel cibo che le persone mangiano e per attivare il pepsinogeno, un tipo di enzima.