Gli eubatteri si dividono in quattro categorie principali, che sono eubatteri gram-positivi, proteobatteri, cianobatteri e spirochete. Gli eubatteri sono molto più comuni degli archebatteri, che sono membri strettamente correlati della divisione procariota. Gli eubatteri vivono in molte aree del mondo, compresi alcuni degli ambienti più estremi e inospitali.
Molti eubatteri sono distinguibili solo al livello cellulare più complesso. Gli eubatteri Gram-positivi sono identificati e classificati sulla base di una tecnica chiamata colorazione di Gram. Questo metodo comporta la rilevazione del volume di peptidoglicano che esiste nelle pareti cellulari di questi organismi. Se questa sostanza è presente, i coloranti speciali rimandano tali informazioni ai ricercatori, che possono quindi classificare l'organismo come gram-positivo. Questi batteri sono maligni ma non mortali. Negli esseri umani, causano malattie come mal di gola e infezioni respiratorie. I proteobatteri includono i eubatteri più diffusi e attivi. Un tipo di proteobacteria è il batterio enterico, che include la specie E. coli. Questo gruppo batterico comprende organismi che fissano l'azoto convertendo il gas in sostanze utilizzate per creare amminoacidi e acidi nucleici. I cianobatteri includono organismi che producono ossigeno e sono sottoposti al compito di fotosintesi. Questi batteri vengono comunemente definiti alghe blu-verdi e appaiono in laghi, corsi d'acqua e altri corpi idrici. Infine, spirochete sono eubatteri a forma di spirale che esistono in forme aerobiche e anaerobiche.
