Secondo l'Università della California a Santa Barbara, la principale differenza tra protista e funghi è che i funghi hanno bisogno della respirazione aerobica per sopravvivere, mentre i protisti sono in grado di vivere in un ambiente anaerobico senza ossigeno. Altro la differenza tra i due è che i protisti sono sempre unicellulari, ma i funghi possono a volte essere multi-cell.
Protisti e funghi sono entrambi regni nell'organizzazione di tutte le cose sulla terra. Sono simili nel modo in cui funzionano e si comportano, ma hanno anche le loro differenze. Entrambi appartengono al dominio degli eucarioti, che comprende anche piante e animali.
Il regno protista è formato da membri autotrofi ed eterotrofi. Gli autotrofi sono in grado di produrre la propria energia da fonti all'interno del proprio corpo, mentre gli eterotrofi devono fare affidamento su fonti esterne per ottenere l'energia di cui hanno bisogno per sopravvivere. Nessun altro regno è composto da membri eterotrofi e autotrofi.
I funghi non possono essere considerati autotrofi o eterotrofi, sebbene siano più strettamente correlati agli eterotrofi. I membri del regno dei funghi consumano morti o compongono il materiale, rendendoli saprofiti. Non riescono a ottenere questo materiale dall'interno del loro corpo come può fare l'autotropo; piuttosto, lo prendono da fonti esterne. A differenza degli eterotrofi, tuttavia, il materiale non è vivo quando riceve l'energia di cui ha bisogno.