Le equazioni molecolari sono equazioni chimiche che mostrano le reazioni di composti, sia ionici che covalenti, solo come composti e non come ioni dissociati. È solo una distinzione significativa per le reazioni che coinvolgono composti ionici dai composti covalenti non avere ioni dissociati. L'altro tipo di equazione è un'equazione ionica, che mostra gli ioni dissociati con le loro rispettive cariche.
Le equazioni molecolari sono relativamente semplici da scrivere, ma spesso travisano anche le reazioni che simboleggiano. Questo perché queste reazioni si verificano spesso in soluzioni acquose, dove solo alcuni componenti reagiscono effettivamente. Per esempio, un'equazione molecolare del cloruro di calcio e del nitrato d'argento mostra la creazione di nitrato di calcio e cloruro d'argento. Questo è rappresentativo in due modi. In primo luogo, i reagenti disponibili reali non sono il cloruro di calcio e il nitrato d'argento, ma gli ioni completamente dissociati di calcio, cloruro, argento e nitrato. Inoltre, l'unico composto effettivamente creato è il cloruro d'argento, che è un solido ionico che precipita fuori dalla soluzione. Gli altri ioni, calcio e nitrato, non reagiscono e rimangono in soluzione. Un'equazione ionica può essere semplificata per rimuovere completamente queste componenti non reattive.
La formula molecolare può essere valida e utile come aiuto concettuale, oppure può servire come modello più accurato se l'acqua viene rimossa dopo la reazione mediante ebollizione o qualche altro metodo che lascia gli ioni disciolti dietro per associarsi in composti ionici .