L'inquinamento idrico sta accadendo dall'inizio della storia umana. Tuttavia, gli inquinanti che la maggior parte della gente pensa oggi hanno iniziato principalmente dopo la rivoluzione industriale e sono diventati un problema significativo alla fine del XIX secolo.
Le prime forme di inquinamento delle acque erano solitamente dovute alla contaminazione da rifiuti umani e animali, che causava gravi epidemie di malattie come il colera. Dopo la Rivoluzione industriale, i nuovi processi di produzione e di estrazione mineraria hanno causato il rilascio di sostanze chimiche tossiche in laghi e fiumi ad un ritmo elevato. Diversi corpi idrici sono diventati così inquinati che hanno preso fuoco. Tuttavia, anche nell'antichità le industrie come le tintorie tessili e le concerie erano note per causare inquinamento delle acque.
