Anton van Leeuwenhoek fu la persona che scoprì cilia e flagella nel 1676. La scoperta fu inviata alla Royal Society di Londra in una lettera che descriveva le sue scoperte come una seconda specie di animali le cui figure erano di forma ovale con piccole zampe.
All'epoca, Cilia e flagella erano descritte come di forma ovale e con zampe molto piccole che si muovevano molto agilmente. Cilia e flagelli sono in realtà gli stessi, secondo l'NCBI, ma hanno ricevuto nomi diversi molto prima che le loro singole strutture venissero determinate e riviste.
Di solito, le cellule hanno uno dei due flagelli, ma le cellule ciliate sono descritte come aventi molte piccole ciglia. Ad esempio, una cella può avere un flagello, due flagelli o migliaia di ciglia.
Sia le ciglia che i flagelli sono utilizzati per viaggiare e portare particelle di cibo. Inoltre spostano i materiali attraverso la superficie dei tessuti. Ad esempio, le persone hanno ciglia nel loro naso; queste ciglia coprono i passaggi respiratori e aiutano a espellere e rimuovere particelle che si accumulano all'interno delle secrezioni di muco che si trovano in questi passaggi.
Cilia e flagelli muovono le cellule attraverso il battito, che può muovere le celle a una velocità di 1 mm /s. Alcune ciglia e flagelli sono grandi quanto 2 mm in alcuni tipi di sperma di insetti.