Può essere difficile determinare il numero esatto di lemuri rimasti nel mondo, dal momento che nuove specie vengono continuamente scoperte. Tuttavia, la maggior parte delle specie sono considerate a rischio di estinzione e in pericolo di estinzione e una specie è vicina all'estinzione.
I lemuri sono tra le specie di mammiferi più minacciate al mondo, secondo una rassegna condotta dall'Unione internazionale per la conservazione delle specie in natura, la commissione di sopravvivenza nel 2012. Una specie, il lemure sportivo nordico, è così vicina all'estinzione che solo 18 individui rimangono allo stato selvatico. Delle 103 specie conosciute di lemuri nel mondo, 93 affrontano un certo livello di minaccia. Di queste 93 specie minacciate, 19 sono elencate come "Vulnerabili", 52 sono classificate come "In via di estinzione" e 23 sono descritte come "in grave pericolo di estinzione", il che significa che sono particolarmente vulnerabili all'estinzione. Solo tre specie non sono considerate in via di estinzione.
Nel 2005, 41 specie di lemure erano considerate "vulnerabili", "in pericolo" o "in grave pericolo di estinzione". Il forte aumento dei numeri del 2012 è dovuto a due fattori importanti: aumento dei livelli di minaccia e scoperta di numerose nuove specie di lemuri.
La più grande minaccia ai lemuri è la distruzione dell'habitat. Il loro habitat è limitato all'isola del Madagascar. Le foreste pluviali in cui vivono sono minacciate da disboscamento illegale, estrazione illegale e problemi politici. I lemuri affrontano anche le minacce dei bracconieri.
Sebbene molte specie affrontino gravi minacce, alcune specie hanno subito un recupero. Ad esempio, la maggiore popolazione di lemure di bambù è passata da 100 individui a 500 individui.
