I supercomputer eseguono una serie di attività tra cui la previsione del tempo, la protezione dei sistemi e persino la riproduzione e l'agevolazione dei giochi. I supercomputer sono particolarmente utili nei campi scientifici.
I supercomputer non guadagnano più tanto quanto hanno fatto una volta, perché i server moderni sono abbastanza potenti per una vasta gamma di attività. Tuttavia, i supercomputer sono ancora utilizzati per una vasta gamma di attività. Negli Stati Uniti, un supercomputer è usato per proteggere le armi nucleari, e alcuni sospettano che i supercomputer governativi siano usati per rompere i difficili problemi di crittografia.
Oggi i supercomputer sono spesso usati per scopi scientifici. Poiché il sistema meteorologico terrestre è così complesso, sono necessari supercomputer per testare vari metodi di previsione del tempo. Allo stesso modo, i supercomputer sono utilizzati per testare modelli del Big Bang e altri eventi che si pensa possano verificarsi nell'universo.
La definizione di cosa sia un supercomputer è cambiata nel tempo grazie alla tecnologia di elaborazione distribuita. Deep Blue, un supercomputer che gioca a scacchi creato da IBM, sconfisse Garry Kasparov a scacchi nel 1996. Poiché i computer di oggi sono molto più veloci di quanto fossero negli anni '90, anche un computer desktop standard può battere concorrenti umani di alto livello. Un'infrastruttura di rete sofisticata rende la creazione di un supercomputer più semplice rispetto al passato poiché aggiungere nuovi nodi a un sistema è relativamente semplice.