Un esempio di fossile pietrificato è il legno antico che ha avuto tutto il suo tessuto sostituito dal quarzo per un lungo periodo di tempo. La pietrificazione si verifica quando un organismo morto è protetto dal marciume l'acqua ricca è in grado di filtrare dentro.
La pietrificazione funziona da minerali che si depositano nel tessuto dell'organismo mentre il tessuto viene lentamente lavato via. I minerali cristallizzano nella stessa forma del tessuto che sostituiscono. Ciò si traduce in fossili che possono essere molto dettagliati, preservando strutture fino al livello microscopico. La maggior parte dei fossili pietrificati non è così completa, ma la trama della corteccia e di altre piccole strutture è spesso preservata.