Insetti come gli afidi, i moscerini e la tignola del marchio cinese amano mangiare le ninfee. La tignola del marchio cinese è un importante parassita della ninfea. Altri consumatori di ninfea includono le tartarughe, alcune specie di koi e le lumache di stagno e mela.
A parte gli animali e gli insetti, le ninfee sono anche suscettibili alla putrefazione della corona, una malattia molto contagiosa. Rispetto alle piante terrestri come rose e verdure, le ninfee sono molto più resistenti e più facili da coltivare. La maggior parte delle problematiche del giglio sono superficiali, danno poco danno permanente e possono essere facilmente controllate o evitate. Gli agenti biologici ecologici, come la farina fossile, funzionano molto bene per prevenire la maggior parte di questi problemi.
