L'espressione "alleli multipli" in biologia si riferisce a una serie con almeno tre forme alleliche o alternative di un particolare gene, con solo due che sono in grado di esistere in un individuo diploide. Ci sono due alleli presenti in un individuo: un allele paterno e materno.
Gregor Mendel, il padre della genetica, ha proposto che esistano solo due alleli per ciascun gene, con la forma dominante che esprime il suo fenotipo all'interno di un eterozigote. Tuttavia, è possibile che più di due alleli diversi esistano all'interno di una popolazione. L'uso del termine "alleli multipli" è a volte confuso. Questo non suggerisce che un gene specifico abbia tre o più alleli. Nessun individuo ha la capacità di più di due alleli, uno paterno e uno materno, anche se più alleli fanno parte della popolazione.
Un esempio di un gene che ha alleli multipli è la serie C canina. Il gene "C" si riferisce a un cane con la serie di colori espressa. "c" è un albino, con naso pallido e occhi. "cb" si riferisce a un cane grigio e pallido, mentre "cd" si riferisce a un cane bianco dagli occhi scuri. "c-ch" sarebbe un cane con un disegno di cincillà. L'allele C (la serie di colori espressa) è dominante su tutti gli altri alleli, mentre "c-ch" è dominante su tutti gli altri ("cd", "cb" e "c"). Il gene albino è recessivo a tutto il resto.
