Euglena espelle i rifiuti allo stesso modo degli altri protozoi, attraverso un sacco di vacuoli che può assorbire ed espellere l'acqua caricata con sostanze nutritive o prodotti metabolici. Il sacco vacuolo si allarga man mano che i rifiuti si accumulano. Questi vacuoli vengono scaricati con la frequenza di ogni mezzo minuto.
Il citosol della membrana plasmatica di euglena li rende sempre ipertonici nel loro ambiente acquatico circostante. Ciò consente all'acqua di fluire liberamente attraverso la membrana plasmatica, facilitando l'espulsione dei rifiuti dal vacuolo. Vacuoli contrattili costituiti da due sottocomparti, ognuno dei quali è circondato da una membrana diversa. Una membrana è divisa in minuscoli tubuli e vescicole contenenti enzimi traslocanti protoni che consentono il trasporto attivo di componenti dentro e fuori i protozoi. Questo trasporto attivo comporta la generazione di un gradiente elettrochimico attraverso gli enzimi della membrana, che espelle i componenti indesiderati dei rifiuti e pompa i nutrienti desiderati nel protozoo.
L'altra membrana funge da recinto per un serbatoio, privo degli enzimi del primo. Questa seconda membrana è elastica, consentendo la sua espansione per la conservazione del fluido in eccesso. La membrana elastica può fondersi con la membrana plasmatica esterna che circonda i due sottocomparti per espellere i prodotti di scarto indesiderati. Oltre all'espulsione dei rifiuti, il sacco vacuolo è responsabile dell'osmoregolazione dell'interno dell'euglena con l'ambiente circostante.
