Le cellule vegetali e animali condividono diverse somiglianze strutturali, come gli organuli legati in membrane e elementi citoscheletrici simili. Inoltre contengono membrane e attributi simili come nuclei, lisosomi e perossisomi.
Un'altra importante somiglianza tra cellule vegetali e animali è che entrambe sono cellule eucariotiche. Le cellule eucariotiche sono complesse e hanno sviluppato metodi per assegnare diverse parti della cellula a funzioni diverse. Scettici afferma che gli organelli sono compartimenti cellulari che svolgono ruoli diversi nelle cellule eucariotiche. Gli organelli dei mitocondri usano molecole alimentari per produrre energia. Il reticolo endoplasmatico trasporta proteine e aiuta nella produzione di membrane. I lisosomi riciclano altri organelli e macromolecole.
Il nucleo di una cellula vegetale o animale è paragonabile al cervello della cellula. Scitable afferma che il nucleo è forse il più importante di tutti gli organelli eucarioti. La presenza di un nucleo legato alla membrana è in realtà la definizione di una cellula eucariotica, secondo About.com. Il nucleo contiene la maggior parte del materiale genetico di una cellula vegetale o animale e organizza questa informazione in molecole di DNA. Il nucleo forma anche cromosomi. Il nucleo agisce anche come centro di controllo di una cellula vegetale o animale e regola tutte le sue attività.